警方臥底於秋（張家輝飾）在上司阿佔的運籌帷幄下，多次打入當地幫派，斡旋於多方黑色勢力之中。於秋在黑幫生活中卻好像漸漸迷失自我，他開始懷疑，是否只有「非常」的手段才能主持公正，這讓警方開始不信任他。一次臥底行動中，於秋和幫派老大激戰，結果全體命喪當場。在道德和江湖道義的雙重質疑下，於秋自我放逐，逃離孤城。   於秋內心對懲治罪惡的慾望從未消減，他重整旗鼓回到孤城，這一次，他的任務竟是調查罪惡城背後最邪惡也最神祕的黑手、人人聞之色變的首腦—「老闆」（徐靜蕾飾）。  

從一宗離奇的兒童綁架案開始，於秋查出老闆的身份和他背後的犯罪網路。神祕的老闆控制了商界和黑道，只有毀滅老闆才能拯救這座墮落之城。事實上，於秋在追查過程中已經踏入了老闆設下的重重圈套。老闆的勢力更滲透了警方權力的高層，於秋漸漸失去了支援，原本要保護的小孩也受到生命威脅。在接踵而至的迷局裡，於秋好像被推向更深的絕望中……